法院确定行政违法后的后果如下：对具体行政行为判决维持或撤销、判决履行职责、对显失公正的处罚判决变更。

　　法律规定，行政行为有下列情形之一的，人民法院判决确认违法，但不撤销行政行为：

　　1、行政行为依法应当撤销，但撤销会给国家利益、社会公共利益造成重大损害的；

　　2、行政行为程序轻微违法，但对原告权利不产生实际影响的。

　　行政行为有下列情形之一，不需要撤销或者判决履行的，人民法院判决确认违法：

　　1、行政行为违法，但不具有可撤销内容的；

　　2、被告改变原违法行政行为，原告仍要求确认原行政行为违法的；

　　3、被告不履行或者拖延履行法定职责，判决履行没有意义的。

　　行政行为有实施主体不具有行政主体资格或者没有依据等重大且明显违法情形，原告申请确认行政行为无效的，人民法院判决确认无效。人民法院判决确认违法或者无效的，可以同时判决责令被告采取补救措施；给原告造成损失的，依法判决被告承担赔偿责任。