法院对行政处罚程序违法判决的处理办法一般是会撤销之前的处罚，因为行政处罚程序违法，撤消此决定后，行政机关按合法的程序对被处罚人重新作出处罚是可以的。

　　行政诉讼法第七十条　可以判决被告重新作出行政行为：

　　(一)主要证据不足的;

　　(二)适用法律、法规错误的;

　　(三)违反法定程序的;

　　(四)超越职权的;

　　(五)滥用职权的;

　　(六)明显不当的。